胚胎染色体异常，占早期自然流产50%以上的病因。有些夫妇是染色体异常携带者如平衡异位、罗氏异位等，虽然从外观上看无异常，但他们孕育的胚胎很大几率会出现染色体异常，最终发育障碍，以流产告终。
另外，配子及合子在发育过程中对外界环境极其敏感，环境中的致畸因素，包括放射线、病毒、药物等因素均有可能造成染色体异常。对于这部分胚胎来说，流产起到“优胜劣汰”的作用，自然选择，淘汰异常胚胎，其实对于维持物种的稳定性具有重要意义。
男性长期处于高温、辐射环境，或酗酒、吸烟等，可能改变精子质量，导致受精卵异常而发生流产。
如过多接触苯、甲醛、铅、离子辐射等，造成胚胎异常而发育终止。
很多原来被认为是“不明原因的流产”，现在发现与免疫因素密切相关，而且可能是导致反复流产的重要原因。怀孕后，受精卵必须在子宫内生长，从免疫角度讲相当于同种移植，形象一点比喻，就是子宫内有某种抗体能够起到“封闭”作用，把胚胎好好地保护起来。
如果缺乏这种抗体，子宫就会以为胚胎是个“坏东西”，于是动用免疫系统对胚胎展开“攻击”，把胚胎当成异物排出体外。
母体因素
母体因素包括：内分泌异常，如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、糖尿病、甲减甲亢、肥胖等;孕妇生殖器官畸形或器质性病变：子宫肌瘤、子宫纵膈、子宫腔粘连、子宫颈内口松弛等。
患有子宫肌瘤的女性自然流产的概率要比正常人高出3倍。因为子宫肌瘤会压迫子宫局部组织，使子宫腔变形，不利于胚胎发育而导致流产。子宫颈内口松弛容易导致怀孕中期(5个月左右)发生流产。因为随着胎儿逐渐长大，羊水逐渐增多，宫腔内压力不断增高，宫颈口突出而引起胎膜破裂。
子宫腔粘连导致子宫内膜受损严重而发生粘连，使宫腔缩小、变形，子宫内膜硬化而影响胚胎发育。孕妇怀孕前或者怀孕期间感染了病毒、细菌、寄生虫等，也容易导致流产。
孕妇患有流感、伤寒、肺炎等急性传染病时，细菌毒素或病毒通过胎盘进入胎儿体内，可使胎儿中毒死亡。高热可促进子宫收缩而引起流产。
孕妇患有重度贫血、心力衰竭、慢性肾炎和高血压等慢性病时，可因胎盘梗塞及子宫内缺氧而使胎儿残废，而致流产。孕妇营养不良，特别是维生素缺乏，以及汞、铅、酒精中毒均可引起流产。
