如果有唇腭裂家族史，需要在怀孕之前告诉医生。医生可以根据唇腭裂的类型做出特定的诊断。最好的预防方式应该基于正确的诊断和对家庭成员疾病史、母亲怀孕史的分析，同时，通过遗传咨询可以了解到个体唇腭裂的发生几率，并进行针对性预防。
大多数唇腭裂的发生基于遗传因素和环境因素的交互作用，孕期应注意营养成分的合理配给，因为妈妈是胎儿唯一的营养来源。部分由于此原因造成的唇腭裂可以通过营养的改变和补充多种维生素（包括叶酸）来预防。如出现呕吐及偏食情况，及时补充维生素A、B2、B6、C、E及钙、磷、铁等矿物质尤为重要。
有糖尿病、贫血、妇科病及甲状腺功能减退疾病的孕妇，要尽早治疗。有研究表明，糖尿病孕妇的孩子发生出生缺陷的概率大大高于没有糖尿病孕妇的孩子，怀孕前和孕期严格控制好血糖水平可以降低孩子的出生缺陷。妊娠期糖尿病也可以引起孕妇的严重的并发症，应通过摄入健康的食物、经常锻炼、监测血糖、必要时注射胰岛素来控制血糖。
有肥胖问题（BMI≥30）的女性在孕期发生各种并发症的概率较高，与此同时，她的孩子发生各种严重出生缺陷的概率也较高。因此，如果女性有肥胖问题的话，建议先和医生讨论下如何在怀孕前使体重达到并维持在正常水平。当然，需要在保证营养的条件下健康减肥，应该是一种通过每日膳食调整和锻炼习惯养成的长期的生活方式改变。
生活方式的改变
我们目前的生活方式远远达不到理想状态，每日我们暴露于环境污染、充斥着各种生活工作压力等。如果近期准备受孕，需要改变一些生活方式来降低环境因素可能引起的先天性缺陷，如锻炼及增加户外活动、保证充足的睡眠、避免过度劳累和外伤等。
孕妇应避免过度精神紧张和情绪激动，保持愉快平和的心情。当孕妇出现忧虑、焦急、暴躁、恐惧等不良情绪时，肾上腺皮质激素可能阻碍胚胎某些组织的融汇作用，造成胎儿唇裂或腭裂。
避免频繁接触放射性及微波，尤其是在决定怀孕前3个月，要尽量避免接触放射用品，或坚持穿防辐射内衣。现在许多孕妇一直到生产都正常上班，许多办公室都是开放性场所，堆满电脑，几十台手机同时使用，对胎儿健康十分不利。
孕期妇女应特别注意预防风疹等病毒感染。调查发现，很多唇腭裂宝宝其母体在孕前期都感冒过，风疹病毒是导致唇腭裂的重要因素之一。还有一些其他的病菌也可能导致胎儿先天畸形。
感染的预防需要做到以下几点：
①勤洗手，用肥皂和流动水洗手15～20秒钟以上，尤其是接触了不洁物品之后；
②尽量不要与其他人（包括自己的小孩）共用碗筷，避免与周围孩子的亲密接触，因为他们的唾液、尿液中可能会含有一些病毒（如巨细胞病毒），这些病毒对正常人是无害的，但对胎儿有可能是致病的，甚至是致畸的；
③入口的肉类需保证全熟，未全熟的肉类可能含有李氏杆菌等一些致病菌；
④避免饮用未经高温消毒的牛奶及其制品；
⑤不要接触宠物及宠物用品；
⑥检测是否有HIV、乙肝或结核等其他可以母婴传播的传染性疾病；
⑦避免接触感染病人，如果孕妇在怀孕前没有注射相关疫苗，则需要远离这些感染病人，如水痘、风疹。
慎重用药
妊娠期服用某些药物可能引起胎儿严重的出生缺陷，如激素或抗肿瘤药物、抗组胺药物等。但是，很多药物对孕妇和胎儿的安全性又是很难确定的。如果女性准备怀孕或已经怀孕，服用任何药物都需要提前咨询医生。这些药物包括处方药、非处方药、保健药、中药和中成药。有些女性在怀孕期间需要继续服用某些药物来治疗她的疾病，如哮喘、癫痫、高血压、抑郁等，也需要先和医生确认哪些药物妊娠期间必须服用的，需要权衡药物可能带来的利与弊。
母体血液中的酒精可以通过脐带输送给胎儿，怀孕期间饮酒可以导致流产、死胎或一系列孩子终生的生理、行为和智力上的障碍。目前没有明确的备孕或孕期酒精的安全剂量与安全时间。虽然对酒精暴露是否会造成唇腭裂畸形尚有争论，但我们仍旧建议在备孕期间就开始戒酒，以降低发生唇腭裂畸形的风险。
怀孕期间吸烟的危害包括可能造成早产、致畸（包括但不仅仅为唇腭裂）、死胎，被动吸烟也是如此。妊娠期间吸毒可能导致早产、低出生体重儿和其他健康问题（如出生缺陷）。
有医生表示，20岁以下和35岁以上的父母产生畸形儿的可能性最大，因为20岁以下还没完全成熟，而35岁以上已经开始老化，因此，女性最好在25岁至30岁之间生宝宝。
流产史
自然流产是机体对染色体异常的缺陷胚胎进行的自我淘汰的生理过程。有过流产史的女性，为了增加受孕的几率，心理压力较大，会保胎，使用保胎药、激素等刺激，这可增加了唇腭裂的发生几率，而药物保胎本身也增加了发生唇腭裂的可能性。人工流产也会增加唇腭裂的发生几率，因为流产与畸形的联系体现在：低水平刺激诱导畸形发生，高水平刺激导致胎儿死亡。
女性应该在准备怀孕时就开始咨询医生，并在知道可能怀孕时就开始及时预约产检。一旦怀孕，只有母体身体健康才能保证胎儿的健康生长发育。孕检可以及时发现母体和胎儿的异常情况并及时寻求应对策略。孕期定期产检对出生缺陷的预防是非常重要的，特别是妊娠反应剧烈，孕期遭受心理创伤及营养不良的女性。
包括第一胎的风险预测和唇腭裂再发风险的预测。结婚前最好通过婚检进行第一次筛查，孕前进一步进行易感基因的唇腭裂风险预测以及唇腭裂遗传咨询。评估可能的致畸因素，采取一些针对性的预防措施。
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