有数据认为 40%~95% 的使用阿片类制剂患者都会发生便秘，阿片类镇痛剂特别是吗啡广泛导致的便秘是此类药物最令人讨厌的不良反应。一项长期研究观察美沙酮的治疗发现，58% 的患者不同程度上发生了便秘。
减少肠动力：主要作用于抑制中枢和周围神经系统，减少肠道纵向推进蠕动，延迟在空肠、结肠的转运时间
减少分泌：阿片类同样基于神经介导，通过 PGE、肠血管活性肽、cAMP 等降低肠道分泌，这些也导致了小肠和大肠部分水分及电解质吸收的全面增加。
肠道吸收和血流增加：阿片类药物通过增加肠道绒毛的吸收表面积，同时增加了肠道血流灌注从而增加了液体的吸收。
阿片类也会导致胃轻瘫，延迟胃排空。也会通过中枢神经系统作用，干扰通便反射，减弱排便的欲望。
阿片类的胃肠道作用也用于药物的治疗，如用可待因或者洛哌丁胺用于腹泻治疗以防止液体和电解质的大量丢失。
NSAIDs 药理作用基于抑制环氧化酶，所以在中枢和外周都导致了下游产物 PGE 的下调，而 PGE 扮演着减少胃酸分泌，增加胃黏液分泌，增加胃肠平滑肌收缩的生理作用。抑制 PGE 会导致相反的生理作用从而易导致便秘。
此类药物拮抗副交感能神经系统，业已衍生为一个非常大的药物系列，用于广泛的疾病治疗，包括三环类抗抑郁药物、抗精神病药物、抗帕金森类药物、H1 类抗组胺药物、解痉药物等。
此类药物导致便秘的机制，主要是抑制神经递质 ACh 与肠道中的 M2 受体的结合，导致肠动力的下降，从而导致了结肠的团块运动时间延长。
1. 三环类抗抑郁药物
叔胺类(如阿米替林、多塞平)抗胆碱能效果最为显著，特别是作用于大肠段部分。
2. 单胺氧化酶抑制剂
此类也会导致阿托品样的不良反应，导致平滑肌松弛、肠内转运时间延长，但是比三环类抗抑郁药物少见。
3. 抗精神类药物
吩噻嗪类药物具有强大的抗胆碱能作用，特别是新一代的非典型抗精神类药物，如氯氮平等，逐步被认识到是导致药源性便秘的重要原因。有 14% 的使用氯氮平的患者，被发现其便秘与药物相关，并且可能导致致命地肠梗阻，曾经也有致死病例的报道。
氟哌啶醇作为一种非吩噻嗪类的抗精神病药物，也被认为会导致便秘，机制被认为是阻断了多巴胺 D2 受体，特别是中脑边缘多巴胺系统。利培酮作为中枢血清素 5 HT2 受体的拮抗剂，对 H1 型组胺受体，多巴胺 D2 受体等也存在不同程度的拮抗作用，其不具备有抗胆碱能作用，一般报道胃肠道耐受性良好，但是也有对其便秘不良反应的个案报道。
4. 抗帕金森类药物
对于帕金森患者所常见的便秘是疾病继发还是治疗药物导致的药源性不良反应，一直是存在争议。多巴胺能受体在肠道广泛分布，其介导抑制肠肌层 ACh 的释放，最终导致对肠动力的抑制。此类药物中的多巴胺受体激动剂，如溴隐亭，抑制了肠动力易导致便秘。
5. 解痉药
阿托品、山莨菪碱等大剂量使用或合并应用时，容易导致肠梗阻，与阿片类药物及其他抗胆碱类药物合用时，要监护其对胃肠道的不良反应。
卡马西平被认为化学结构上类似三环类抗抑郁药物，所以也会导致便秘的不良反应发生。
含阳离子制剂
1. 铝离子和钙离子制酸剂
这类药物包括氢氧化铝、氧化铝及碳酸钙类抗酸剂，其在胃里溶解非常慢，并与胃酸发生反应，生产氯化铝等。高剂量的铝制剂，其收敛作用，会导致肠梗阻。有 17-30% 的氯化铝会被消化道吸收，余下部分会导致便秘。
钙制剂与胃酸反应后产生了氯化物，其中 90% 将在小肠转化为不溶且无法吸收的钙盐，导致便秘。如果是碳酸钙制剂还会导致嗳气和气胀。所以一般此类制剂一般推荐使用含有碳酸镁的复方制剂，因为镁离子具有导泻作用。
2. 铋剂
目前常用的铋制剂是主要是常用于胃及十二指肠溃疡治疗的胶体铋剂、枸橼酸铋，及用于腹泻治疗的水杨酸铋。都可能导致刺激肠道对液体和电解质的吸收增强，特别是水杨酸铋会阻断起到促进肠动力作用的 PGE 的合成
3. 铁剂
如治疗贫血的硫酸亚铁等，这类制剂容易导致便秘，也会导致腹泻，被认为与影响肠道微生物环境有关。
1. 长春花生物碱类
如长春新碱类是用于淋巴瘤和白血病治疗，其临床毒性主要是神经毒性，早期感觉异常肯能不必要减少剂量，对较为严重的神经毒性需要暂时停药或者出现神经障碍时减少用量，通常可以逆转，而对自主神经系统和肠神经系统的损伤，被认为是其导致便秘的基础。
严重的便秘会导致腹部的绞痛和肠梗阻，可用缓泻药物和吸水性泻药来预防，这种情况一般在用量超过 2 mg/m2 以上时才会出现。
2. 烷化剂
如环磷酰胺也会影响肠道黏膜，导致溃疡，从而改变水分吸收和分泌，可能导致腹泻或者便秘。
1. 钙离子拮抗剂
便秘是此类药物如维拉帕米、硝苯地平，常见的不良反应，在老年患者及更为常见，被认为具有剂量依赖性。其机制可能为减少肠动力(特别是结肠)，导致了结肠转运时间延长，液体吸收的增加。停药可以自动缓解。
2. 利尿剂
利尿剂会导致机体脱水，使得过量的液体从结肠吸收，从而导致便秘。心衰、腹水和接受透析时的限液会加重便秘，特别是合用了利尿剂时。液体出入量控制的平衡是一项艺术。
3. 中枢神经降压药
如可乐定，通过对肠道神经的作用，会刺激液体和电解质吸收，限制消化液分泌，并增加肠道转运时间从而导致便秘。
如胺碘酮，其肠道相关不良反应中包括便秘、恶心、厌食，并具有剂量相关性。
胆汁酸螯合剂
如考来烯胺和考来替泊，其药物治疗目的常常为降低胆固醇，但是由于其不可吸收又吸附了大量的胆汁酸，容易导致便秘。
如昂丹司琼被用于预防和治疗化疗药物及术后所致的恶心和呕吐，其胃肠道的不良反应包括腹痛和便秘。此类药物也可能拮抗肠道的 5-HT3 受体，从而导致便秘。
泻药是少见但是重要的药源性便秘原因，特别是刺激性泻药的长期滥用，如番泻叶、芦荟、大黄、决明子等含蒽醌苷类草药的滥用，或者是在通便保健品中添加，而患者不知情的情况下长期使用，导致结肠张力的减弱导致排便无力，并容易导致结肠黑变病。
如麻黄素类和特布他林，通过 β2 受体导致平滑肌松弛，容易导致便秘。
