囊肿一般和癌变相差着十万八千里，理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，癌变率极低，不超过5%。
比如有的病人囊肿很早就发现了，几十年前有了，但是在某一天囊肿突然增大了，考虑做手术的时候就会发现巧克力囊肿已经变成卵巢的透明细胞癌了。所以发现卵巢囊肿，当囊肿超过5cm以上必须及时手术，不能长在体内。
第一个，保守治疗，主要是对于巧克力囊肿的直径小于五厘米，症状不严重，并且没有生育要求的一些人可以用一些口服的药物，或者是应用一些镇痛的药物缓解症状。
第二个，手术治疗，卵巢巧克力囊肿常常会破坏输卵管或者是卵巢，所以经常会合并不孕，如果达到了两年以上正常的性生活而没有怀孕，就要进行腹腔镜下将巧克力囊肿剥除掉同时探查输卵管的通畅度，也就是输卵管通液。
第三个，可以对于痛经和月经量偏多的女性，可以上曼月乐环缓解痛经和月经多的症状。
所以对卵巢巧克力囊肿，要根据患者具体的情况，在医生的指导下选择应用不同的治疗方法。
巧克力囊肿复发率一直是被大家提及，而且被医生所苦恼的。巧克力囊肿的复发率在20%以上，复发的概率是比较高的，如果巧克力囊肿的患者在做完手术以后没有给予长期的干预和护理，很大的概率会导致复发。
引起巧克力囊肿疾病的原因是具有活性的子宫内膜细胞种植在了卵巢，做了手术以后也很难把具有活性的子宫内膜全部去除掉，只要卵巢还有功能，就一定会存在复发的可能。做完手术以后一定要做好护理工作，防止出现感染。术后不能太早恢复性生活，而且如果黏连严重，临床医生在做完手术后会建议患者给予亮丙瑞林和达菲林等药物治疗3到6个月，月经第一天皮下注射每月一次，来抑制巧克力囊肿的复发。
