巴氏腺囊肿一般都不是特别严重，它生长比较缓慢，而且长期存在于身体中，如果不恶化的话是没有必要治疗的，如果平时够注意卫生的话，囊肿是会自己慢慢消下去的。但是在囊肿在没有完全消下去之前要注意定期检查，以免恶化。
这种方法就是像蒸桑拿一样，将事先由中医师配置好的中药放入水中煮沸，用蒸汽来熏患病的位置，只要听医师的话，熏够一定的疗程，可以完全消肿，只要过后注意卫生，就不会再复发了。
许多巴氏腺囊肿病人选用放射线医治的辅佐办法，通常于手术后很难治好。放射线医治首要运用肿瘤细胞对放射线对比活络，简略遭到放射线的损害来杀死肿瘤细胞，通常医治约需四至八个星期，会依据不一样的肿瘤病理确诊、分解程度及形象医学检查效果而选择照射方案的大小及剂量。
如果囊肿比较严重的话，可以考虑巴氏腺囊肿造口术。此法简单，损伤小，尚能保留腺体功能。但造口应够大，造口之后最好放引流条，每天用双氧水或者2%碘伏冲洗一次，共3～4次，防止术后粘连闭合，再次形成囊肿。一旦脓肿形成，应当切开引流。
