子宫内膜异位症一般不严重，属于良性疾病，根据内膜异位症手术分期能判断内膜异位症严重程度。一般在手术过程当中，子宫内膜异位症分为四期。一二期比较轻，三四期的比较重。不论轻重，都有治疗办法。这个病一般随着绝经之后症状会减轻消失。如果接近绝经期的女性可以治疗使其提前绝经，如果是年轻女性，主要是保留生育功能，尽早完成生育，然后再进一步治疗。
子宫内膜异位症的治疗主要包括药物治疗和手术治疗，根据患者不同年龄、不同子宫、内膜异位症的严重程度，来选择治疗方法。
药物治疗适用于有生育要求的女性，常用的药物有非甾体抗炎药，可以达到止疼的效果，还包括口服短效避孕药及孕激素，抑制子宫内膜异位细胞的生长，另外常见的还包括GnRH-A类药物，临床上常见的有亮丙瑞林和戈舍瑞林等。
如果药物治疗无效，或药物治疗后病情加重，可以采取手术治疗，手术治疗又分为不同的手术方式，可以采取保留生育功能的手术，将内膜异位的病灶进行去除，也可以采取保留卵巢功能的手术，切除盆腔内的所有病灶及子宫，但保留至少一侧或部分卵巢。最后是根治性手术，将子宫双附件及盆腔内所有肉眼可看到的异位病灶进行切除，以上是主要的治疗方法。
子宫内膜异位症的治疗，包括药物治疗和手术治疗。药物治疗，一般主要包括口服避孕药、米非司酮、内美通、丹那唑、GnRHa等等，这些药物治疗，一般用药期间症状会明显缓解，有时包块甚至会缩小，但是停药后，一般都会复发，包块也会恢复到治疗前大小。所以，内异症药物治疗一般多用于控制症状，或者接近绝经期女性，药物治疗后，如果能绝经，绝经后就不用再治疗了。
手术治疗主要包括巧囊剥除、内膜异位灶切除、子宫切除，甚至子宫双附件切除。一般来说，巧囊剥除、内膜异位灶切除的术后复发率很高，接近百分之四五十。而子宫切除属于半根治性手术，术后复发率大大降低，一般小于10%。而子宫双附件切除多用于最严重的病变，无法保留卵巢者，这种一般术后就不会再复发。
