如果手术施行不完全，少量胎儿组织残留于子宫内，可能影响子宫收缩而造成持续出血或造成粘黏、感染等情况。最好再仔细做一次手术清除残余的组织。子宫的位置或形状不正常，一般比较容易造成此后遗症。
妊娠周数愈大，危险机率愈高;打胎次数愈多，穿孔机会也愈大。其它如子宫位置、形状异常或以前动过手术的子宫皆有较大的穿孔机会。
如果器械消毒不完全，或是手术者本身未注意无菌过程，即可能造成子宫内感染，甚至继续往上传染侵犯输卵管及骨盆腔，严重时会造成以后容易宫外孕或不孕的后果。
在进行子宫扩刮术时，如果刮的太粗鲁，导致子宫颈或内膜受伤、发炎，就有可能产生术后的子宫颈或内膜粘黏、并会引起月经异常，如无月经或月经量过少。严重者会在以后产生不育症的情况。
子宫颈受伤
在扩张子宫颈口的过程，如果不小心，或扩张速度太快，都有可能造成子宫颈的损伤，并造成以后怀孕较容易流产的情形，尤其是第一次怀孕或尚未生育过的妇女比较容易发生。
妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胎囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫内膜复原欠佳，阴道出血时间较长，可持续2~3周，甚至1~2个月。长期慢性失血可引起贫血。
抗孕药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至干扰排卵。个别妇女药物打胎后，可发生月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。
育龄妇女如反复妊娠、反复流产会造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，容易发生前置胎盘，可引起产前大出血;甚至发生习惯性流产。
