菊花茶性寒、味甘，有极好的祛除火气之效，但孕妇自身免疫力低下、脾胃较为虚弱，食用菊花茶容易刺激肠胃，引起肚疼腹泻等症状，不利于胎儿的健康成长。
寒性体质者畏寒怕冷、身体孱弱、脾胃虚弱、免疫力低下，即使夏季也会有手脚冰凉、腹泻肠胃不适等症状，菊花茶性寒，只会加重其症状，对健康不利。
小孩处在生长发育的高峰期，阳气正当时，喝菊花茶有削减阳气之效，最好禁止食用。
一般情况下，伤寒感冒者都是因为着凉引起的，而菊花茶的属性决定此种感冒患者不适合喝，另外，感冒并伴有咽喉炎者更加不能喝菊花茶了。因为菊花茶有刺激胃酸分泌，加重咽喉炎症的作用，延缓患者复原的时间、降低复原的质量。
在我们的现实生活中有人会对菊花茶过敏，如果喝了菊花茶就会引起皮肤红肿、红疹等过敏现象。所以那些过敏体质的人喝菊花茶反而会有副作用，对自己的健康不利。
