男性泌尿生殖器官受到炎症感染而引起病变，比如患有精囊炎、尿道炎、睾丸炎、前列腺炎，射精时大多会伴有疼痛感。这是因为射精时这些器官的肌肉会发生节律性收缩，而这种收缩对炎症病灶是一种机械刺激，所以会引起剧烈疼痛。
包皮过长或者包茎患者在性生活中如果动作稍微激烈，也会引起射精疼痛。因此这类患者同房时要减轻动作的幅度和强度，要不就做包皮环切手术解决不适。
男性性生活过于频繁，常会引起输精管、精囊及尿道器官产生无菌性炎症，致使这些器官充血、水肿。射精时，由于平滑肌收缩，而刺激这些充血的器官，就会引起疼痛。
男性感染了性病时，尿道前部有烧灼感、排尿时刺痛或灼热辣痛，过性生活射精时疼痛明显加剧，甚则向小腹或脊柱放射，夜间疼痛时，患者可发生阴茎的疼痛性勃起。
其他疾病
患有阴茎硬结症的人，房事的时候阴茎勃起会疼痛，射精的时候会加重。患尿道狭窄的人，精液排出不畅，尿道企图强行挤出精液，也可能会引起疼痛。
此外，男性泌尿系结核，尿道息肉等这些情况，也是可能会造成射精疼痛。
一些男性因性格、之前有性生活失败经历，或者工作精神压力等，造成了过于为射精好坏而焦虑，在这种情况下同房射精，就会特别紧张，诱发会阴部肌肉的痉挛性收缩，从而出现射精痛。也有可能这些射精痛是心理性的，而不是生理性的。
