1、合并严重心脑血管、肝、肾、造血系统等内脏疾病及肿瘤患者。
2、皮肤敏感者。因为天灸是外敷的方法，贴后易起泡。
3、三九天灸也讲究体质，血证和阴虚发热的人群也不宜做。
4、有热性疾病者，如传染性疾病、感冒发热、急性咽痛、关节急性肿痛等，不宜做。
5、糖尿病患者。天灸是一种发泡疗法，药方敷下去刺激性较强，可能会带来一定的皮损。建议糖尿病病人慎重贴药。
5、高血压患者。高血压病属中医偏阳亢的，不适宜接受天灸治疗。
6、孕妇、恶性肿瘤患者、肺结核活动期患者、支气管扩张患者不宜天灸。
三九天灸的流行，反映出人们自我保健意识的增强，但需要注意的是，天灸只是一种辅助治疗的保健方法，它主要是利用节气转换的关键点来激发阳气辅助治疗，并不能代替正规的治疗，认为天灸能根治一些慢性病有点期望过高。
而且，三九天灸也不能包治百病，主要适用于偏虚寒的疾病，并非人人适用。因此，人们在选择三九天灸前，应该先向专业的中医医生咨询。
与三伏天灸相比，三九天灸偏向于温补，注重帮助体内元阳蓄积，实际上就是增强人体的体质;三伏天灸更注重于祛邪、散寒，趁着夏天寒气弱的时候来清除病邪。三九天灸是对三伏天灸疗效的补充和巩固，前者是冬病冬防，后者是冬病夏治，均是扶阳补虚疗法，贴敷过三伏天灸的患者，再贴敷三九天灸，可以取得更好的效果。
三九天灸对呼吸系统疾病，如过敏性鼻炎、支气管哮喘、慢性支气管炎、慢性咳嗽、体质虚弱易反复感冒者，有很好的效果。此外，慢性腹泻、慢性胃肠炎、胃痛、厌食、消化不良等消化系统疾病;运动系统疾病，如颈肩腰腿痛、肌肉疲劳等，以及风湿与类风湿性关节炎等也是比较适合做三九天灸的。
