常见疼痛;偶见红、肿、瘙痒。在接种疫苗后24小时内，接种者可感觉注射部位疼痛和触痛。这些反应一般较轻和短暂。在多数情况中，它们在2至3天内自动消失，不需要进一步的医疗措施。
常见发热、疲劳乏力、头疼、头晕、恶心;偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常(活动减少增多)、口干、食欲不振、腹泄、过敏、胸闷。以前未接触过疫苗中抗原的宝宝等，可出现发热、全身不适和肌痛。这些反应在接种疫苗后6-12个小时内发生，一般持续1-2天。
如过敏性休克或急性喉水肿，一般会在注射后半小时内发生，需进行抢救。
注意：甲流疫苗的副作用症状一般都比较轻，不会给受种者带来太长时间的不适，通常都是发生在接种后24小时内。
甲流疫苗鲜有后遗症。
对此，从目前了解的资料得知，注射甲流疫苗出现后遗症的案例，临床上鲜见，但也是有的，曾经有儿童注射甲流疫苗后引发重症脑炎，导致智力受损，说话能力以及行走能力也受到影响。
甲流疫苗后遗症出现的可能毕竟是极少数的，这很大程度上是跟受种者自身的体质以及身体状况有有关。目前国产推出的甲流疫苗，接种总体安全，偶见不良反应，如局部疼痛、红肿;全身不良反应时轻度发热、头疼等，还没有发现罕见的不良反应。
任何药品和疫苗多多少少都是会有不良反应、副作用发生的可能，但这些副作用症状一般都在可预见的正常范围内，因此不必担心会对健康造成过大的影响。适当了解一下甲流疫苗的副作用，让大家在了解的基础上接受疫苗接种，这样即使是接种该疫苗后出现副作用，也不会引起不必要的惊慌。
