炖肉时肉和肉蔻的比例一般建议为1:5，即1斤肉5克肉蔻，一般一颗肉蔻的重量在约2克左右。
此外在炖肉时肉蔻不宜太早放进去，因为肉蔻中所含的挥发油久炖之后会损失，所以最好在肉5成熟时再放入，味道和药效都保全了。
1、 在中餐烹饪中常将其与其他香辛料混合用于煮、卤、烧、烫等菜式当中。肉豆蔻可直接用于制卤水，也可去脂后加工成粉末使用。
2、因为荷兰东印度公司的关係，这种香料也传到欧洲地区，不论是搭配马铃薯或豌豆、球芽甘蓝、花椰菜等蔬菜都很协调。
3、肉豆蔻也是香料热红酒、热苹果酒、圣诞蛋酒的关键原料，经典的苏格兰菜肉馅羊肚 (haggis) 没有它也不行，此外肉豆蔻也是法国传统白酱的重要成分。
4、而来到意大利，肉蔻则出现在面饺 (tortellini) 裡，美国人则喜欢用在南瓜派中，或直接磨碎撒在烤奶油南瓜上。
5、肉豆蔻是马来西亚槟城料理的重要角色，在星马两地都广受喜爱，好比马来知名的剉冰 ais kacang 就少不了肉豆蔻，不管咸食或甜点都会用上果实与乾皮，是东南亚料理的主要风味来源。
