胚胎在发育时，小肠可能就会出现结构上的问题，造成小肠闭锁。而小肠闭锁的范围很广泛：十二指肠、小肠、大肠等处都有闭锁的可能性，甚至是无肛症，这些症状在出生时就可诊断出，一两天内就要进行治疗。胚胎在发育时有某段时间，肠管是实心的，到了后期才逐渐开始中空化，成为一个管腔。若实心的部分没有被打通，就会形成肠道闭锁，如果肠道出现破洞，则会成为“肠穿孔”，使胎粪在胎儿腹部结成胎粪球，造成胎粪性腹膜炎。
而肠道闭锁也可能导致“巨结肠症”，当小肠某一截开始没有神经，肠道就不会有扩大、放松的功能，上面的肠道会胀大，此时有问题的是窄缩的部分，需要进行外科手术治疗。所幸大部分的巨肠症都只是一小节没有神经，其病征表现是便祕，可是还能勉强排出，有时医师用指诊，肛门会有喷便的反应，在门诊追踪时多半都能诊断出来。新生儿喝奶之后通常都会排便，一天8～10次是正常现象，1个月之后次数会慢慢减少，而巨肠症患者通常在一开始就很少排便。
一般而言，现在的家庭都能自行诊断出疝气，父母只需打开尿布触摸下腹部靠近阴部的位置，若是患有疝气，男宝宝的阴囊上方会有鼓起的硬块，女宝宝则是触摸大阴唇的上方。虽然疝气好发于6个月～2岁的宝宝，但甚至九岁、十岁都可能患有疝气。胚胎发育时，有个称为圆韧带的构造必须降下来，并且留下一个袋状结构，在宝宝出生时应愈合，若没有愈合就可能出现疝气。数据资料显示，约有10%的宝宝因愈合不佳而导致疝气，而早产儿出现疝气的比例远比足月生产的宝宝要高。
3、肠套叠肠套叠也是新生儿的急症之一，婴儿的盲肠不仅短小，而且会游离、浮动，随着宝宝不断长大，才会慢慢固定。但在婴儿时期因为会游离，容易发生肠套叠，大部分是回肠被挤进大肠中，加上宝宝容易受到病毒感染，例如轮状病毒，感染后易导致淋巴腺肿大，使肠道蠕动不顺，进而发生肠套叠的情况。肠套叠的发生率约1／300，当肠子卡住之后，宝宝会开始呕吐，并且拒绝进食，若肠子坏死可能会休克，且婴幼儿不耐脱水，两天就会死亡。
由于肠道的血液循环被卡住而缺氧，会开始坏死，进而溃疡、出血。而肠套叠发展到后期易造成血便，早期的血便看起来比较像蓝莓酱，容易被误诊为细菌性肠炎。一般而言，发生肠套叠约6个小时，肠子几乎就会坏死。如果宝宝表现出一阵一阵的哭闹、解血便，即可能为肠套叠，但有时候是尚未排便，此时医师会进行灌肠，观察排便情况。若早期发现，肠道没有卡很紧，也没出现坏死，就会先使用钡剂（平时用于上、下胃肠道摄影），以灌肠的方式，尝试将肠道推回去。若是无法灌通就必须开刀治疗，而现今都使用腹腔镜，使侵入性手术的伤害降至最低。
腹股沟疝气与肠套叠的表现方式相近，宝宝会出现间歇性的哭闹，进食后会呕吐，吐完就没有食欲。当肠道阻塞时，会有一股驱动力想要使其通过，就会造成一阵一阵的肠绞痛，使得宝宝出现间歇性哭闹。一开始哭像是在撒娇，哭累了就会睡，但会不断在睡梦中醒来哭个5～10秒。家长若发现宝宝一阵一阵哭闹，又摸到鼓起硬块，可能罹患疝气，若是没有摸到硬块即可能为肠套叠。
中肠扭结被形容为“隐形杀手”，终其一生都有可能发生，而发生中肠扭结的前提是“肠扭转不良”。在胚胎发育时，小肠本来在外面，会逐渐退回腹腔内，由于小肠的结构会被“回”字型的大肠包住，此时肠道须扭转约270度，如果没有转好，就容易发生扭结。然而，肠扭转不良不一定会发生中肠扭结，但如果发生扭转，易使整个肠道坏死，或是变成短肠症。如果早期发现，可以在6小时内将肠道转回来，有机会能够恢复。
若及早发现有肠扭转不良的现象，可以先进行预防性的手术，将两边的肠子推远一点，使其间距变宽，降低中肠扭结的概率。由于肠道的问题会伴随着呕吐，当婴幼儿发生中肠扭结、呕吐，且又无法表达，很容易使肠道坏死。然而，在发生扭结前，会出现某些征状，例如：常常呕吐，而呕吐的量也相对较多，建议拍摄腹部X光片以确定肠道结构是否正常。而这样的宝宝因为经常呕吐，进而会影响到营养的吸收，食欲也会不好，身形也会比较瘦小。
外伤也是常见的急症之一，由于婴幼儿处于探索的阶段，活动力旺盛，容易从高处跌落，可能造成头部外伤等情况，此时可以看到外观有瘀青或擦痕等。若妈咪发现孩子突然嗜睡，或活力明显下降，出现呕吐、抽筋等状况就必须送急诊。到院后医师会先检查生命迹象和意识，如果怀疑因撞击导致脑部有些受损，例如硬脑膜下出血等问题，会住院观察，或经由外科医师评估是否需要进行手术。
从平时护理做出区分预防胜于治疗，带宝宝回诊、施打预防针时可以咨询医师，是否有先天性构造上的问题，若医师有发现异常也会主动提供相关信息给家长，再做进一步的检查。家长也要多留意孩子的状况，若发现孩子与平常相比，活力差、食欲差、异常哭闹等，就需注意是否有急性传染病，或是先天构造上的问题。
不要轻忽溢奶与吐奶，要从平常的护理中做出区分，一旦状况不对就要送急诊处理，也要注意是否出现间歇性哭闹，1个月以上的婴儿症状较明显，1个月以内的新生儿还不太有痛觉，虽然会吐胆汁，但不太会出现哭闹等反应，因此必须多加注意。
不轻忽肠胃炎婴幼儿另有两项较少见的急症：肠胃炎与大肠穿孔，而肠穿孔的前身即为肠胃炎。由于成人的大肠壁较厚实，通常不会因腹泻造成大肠穿孔，但婴儿的大肠壁较薄，一旦严重腹泻就容易造成脱水，甚至休克死亡。一般而言，成人肠胃炎的治疗方式只要空腹一两餐，让肠胃休息，隔日再进食即可。
但婴儿空腹过久会脱水，只要稍微脱水，再加上肠壁较薄，有时候甚至还有细菌感染，影响到肠道的血液循环支配，使得某些部位不易获得水分，更容易脱水发炎而穿孔。若婴儿罹患肠胃炎，不建议直接空腹，可以少量多次补充电解水。一旦发生大肠穿孔，腹部会胀起来，两三个小时内就要开刀修补。家长必须警觉，不能轻忽肠胃炎，也不能使宝宝发生脱水的情况。
