若是想近期就食用，应放冷藏室保存，若是食用时间不确定，可能很长，则应用密封性良好的自封袋封好，放冰箱冷冻保存。
除了放冰箱保存外，瑶柱还可在密封好后放在干燥阴凉通风处保存。
瑶柱是干海鲜，这种水分含量低，保存时间较长，放冰箱冷藏或冷冻室保存的好的，保质期可达1年甚至更长。
有些瑶柱因不够干爽，所以购买后应立即放入冰箱中保存。而已经开袋了的瑶柱，因失去密封功能，应先把剩余的干贝放入密实袋中，再放入电冰箱。
瑶柱放久了表面会出现一层白色的物质，这并不是发霉或变质了的表现，是可以继续食用的。
瑶柱上的白色物质其实是盐霜。因为瑶柱是由贝类海产加工制成，存放一段时间后，里面的盐分会渗透出表面，从而结成一层薄薄的盐霜，而并非霉菌，这种情况多出现在味道较香浓的瑶柱上，是可继续食用的。
而味道较清甜的瑶柱存放一段时间后，一般不会出现盐霜，但颜色也会由金黄色变成深黄色，甚至近乎土黄色。
